Czasem zdarza się, że próchnica sięga głęboko wgłąb zęba i narusza jego unerwioną część, tj. miazgę. W takiej sytuacji należy przeprowadzić leczenie kanałowe zęba, nazywane też leczeniem endodontycznym.

Kiedy bakterie wnikają do miazgi zęba, powodują jej zapalenie, zniszczenie, a nawet stan ropny wokół korzenia i w jego okolicy. Całemu procesowi towarzyszy ostry lub przewlekły ból zęba. W  takiej sytuacji należy jak naszybciej podjąć leczenie endodontyczne, w przeciwnym wypadku bowiem następuje dalszy rozwój stanu zapalnego. Ponadto, bakterie oraz toksyny wraz z krwią rozprzestrzeniają się po całym organizmie i mogą prowadzić do poważnych schorzeń w innych obszarach.